隨著農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整和科技水平的提高，新型肥料在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中的應(yīng)用日益廣泛，其中農(nóng)用微生物菌劑作為新型肥料有分解土壤養(yǎng)分、刺激作物生長、提高土壤養(yǎng)分含量，同時還能夠產(chǎn)生多種生理活性物質(zhì)、增強(qiáng)作物抗病和抗逆性、提高作物產(chǎn)量和品質(zhì)的作用，在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中應(yīng)用普遍。市場上常見的有硅酸鹽微生物菌劑、根瘤菌菌劑、熒光假單胞桿菌等。
硅酸鹽微生物菌劑
        硅酸鹽細(xì)菌一方面由于其生長代謝產(chǎn)生的有機(jī)酸類物質(zhì)，能夠?qū)⑼寥乐须y溶性磷鉀和硅溶解出來為作物和菌體本身利用，菌體中富含的鉀在菌死亡后又被作物吸收；另一方面它所產(chǎn)生的激素、氨基酸、多糖等物質(zhì)促進(jìn)作物的生長。同時，細(xì)菌在土壤中繁殖，抑制其它病原菌的生長。這些都對作物生長、產(chǎn)量提高及品質(zhì)改善有良好作用。
        硅酸鹽細(xì)菌肥料適宜施用的作物種類多，在棉花、煙草、甘薯、水稻、玉米和果樹等上表現(xiàn)出較好的效果，如2011年，北京新禾豐在廣東省新興縣水稻上布置的“施利康（硅酸鹽復(fù)合微生物菌劑）”試驗結(jié)果顯示，增產(chǎn)幅度可達(dá)10％左右，而且抗病、抗倒效果明顯。
豆科根瘤菌菌劑
        根瘤菌與豆科植物具有特殊的互利共生關(guān)系，能形成根瘤固定空氣中的氮氣為植物提供營養(yǎng)。根瘤菌的固氮能力，不僅取決于根瘤菌菌種的質(zhì)量，而且取決于土壤條件和栽培措施。因此，人們不僅要進(jìn)行根瘤菌拌種，而且要加強(qiáng)農(nóng)田管理并適時適量地施用磷、鉀肥料和微量元素肥料（如禾豐顆粒硼、禾豐鉬等），只有這樣才能更好地發(fā)揮根瘤菌的固氮能力。通過這幾年北京新禾豐在全國各地的“益耕勁（大豆根瘤菌）”、“益耕勁（花生根瘤菌）”試驗結(jié)果表明，可以節(jié)約30%氮肥，而且能有效抑制豆科作物病害發(fā)生，提早成熟。
熒光假單胞桿菌劑
        熒光假單胞菌是一種重要的植物根際促生細(xì)菌，大部分都具有防病增產(chǎn)作用，因而可用于植物病害的生物防治。熒光假單胞桿菌產(chǎn)生的抗生素是它們抑制植物病害的重要因素，可預(yù)防青枯病、軟腐病、小麥全蝕病、立枯病和枯萎病等多種土傳病害，減少病害發(fā)生。另外，熒光假單胞桿菌還可以產(chǎn)生生長素類物質(zhì)，促進(jìn)作物根系生長，解決爛根問題。針對近幾年小麥主產(chǎn)區(qū)域全蝕病突發(fā)問題，“全蝕凈”配合“熒保素（熒光假單胞菌）”拌種預(yù)防全蝕病在河南已經(jīng)取得了不錯的效果。